念念不忘,必有回響~繼如何做好逆轉(zhuǎn)錄PCR(一)——影響逆轉(zhuǎn)錄的重要因素(往期微信鏈接)后,小達(dá)君又來(lái)繼續(xù)跟您叨叨逆轉(zhuǎn)錄PCR那點(diǎn)兒事了——如何提高RT-PCR的特異性。
一、引物選擇
cDNA第一鏈合成的起始可以使用三種不同的方法:隨機(jī)引物法、oligo(dT)引物法和基因特異性引物法。各種方法的相對(duì)特異性影響了合成的cDNA的量和種類,特異性低的引物,合成的cDNA的量會(huì)比較大,種類也比較雜。
(一)隨機(jī)引物法
隨機(jī)引物是堿基序列具有隨機(jī)性的寡核苷酸,其長(zhǎng)度通常為6個(gè)核苷酸,能夠與樣品中所有類型的RNA結(jié)合。當(dāng)特定的mRNA由于含有使反轉(zhuǎn)錄酶終止的序列而難以拷貝全長(zhǎng)序列時(shí),可采用隨機(jī)引物來(lái)拷貝全長(zhǎng)mRNA。隨機(jī)引物法是三種方法中特異性最低的。使用此方法時(shí),體系中所有的RNA分子都充當(dāng)了合成cDNA第一鏈的模板,合成的cDNA中96%來(lái)源于rRNA。
(二)Oligo(dT)法
Oligo(dT)引物由12-18個(gè)脫氧胸腺核苷酸組成,能夠與真核mRNA的Poly(A)尾部相結(jié)合。這種引物適用于以真核mRNA為模板構(gòu)建cDNA文庫(kù)、全長(zhǎng)cDNA克隆,不適用于以降解的RNA為模板進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。由于Poly(A) RNA僅占總RNA 的1-5%, 故這種引物合成的cDNA比隨機(jī)引物法得到的cDNA在數(shù)量和復(fù)雜性方面均要小。這種方法比隨機(jī)引物的特異性高。
(三)特異性引物法
特異性引物法是特異性最高的一種方法,該方法中的引物含有與目標(biāo)RNA序列互補(bǔ)的寡核苷酸,用此類引物僅合成所需的cDNA。
二、提高逆轉(zhuǎn)錄保溫溫度
較高的保溫溫度有助于RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的打開(kāi)。對(duì)于多數(shù)RNA模板,在沒(méi)有緩沖液或鹽的條件下,將RNA和引物在65℃保溫,然后迅速置于冰上冷卻,可以消除大多數(shù)二級(jí)結(jié)構(gòu),從而使兩者可以結(jié)合。然而,某些模板仍然會(huì)存在二級(jí)結(jié)構(gòu),即使熱變性后也是如此。較高的保溫溫度可以提高特異性,尤其在使用基因特異性引物進(jìn)行cDNA合成時(shí)。
三、使用具有較高熱穩(wěn)定性的逆轉(zhuǎn)錄酶
熱穩(wěn)定逆轉(zhuǎn)錄酶可以在較高溫度下保溫,以提高cDNA合成的特異性。舉個(gè)栗子,如果一個(gè)基因特異性引物(GSP)的退火溫度為55℃,那么使用AMV或M-MLV在37℃進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄,GSP所帶有的特異性就沒(méi)有完全利用。然而, 某些具有強(qiáng)熱穩(wěn)定性的逆轉(zhuǎn)錄酶可以在50℃或者更高的溫度下進(jìn)行反應(yīng),這就會(huì)消除較低溫度時(shí)產(chǎn)生的非特異性產(chǎn)物。
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RapiDxFire? Thermostable ReverseTranscriptase是一種顯著優(yōu)于常用的MMLV和AMV逆轉(zhuǎn)錄酶的方法,可用于快速合成短cDNA(<1 Kb) 。
產(chǎn)品性能
在55-80°C高溫下極其活躍:通過(guò)各種RNA模板提高cDNA合成的特異性;
敏感:在兩步RT-qPCR分析中檢測(cè)≤100拷貝的RNA;
反應(yīng)時(shí)間短:簡(jiǎn)化的RT-qPCR工作流程,5分鐘或更短時(shí)間內(nèi)出結(jié)果;
室溫下穩(wěn)定長(zhǎng)達(dá)3個(gè)月:簡(jiǎn)化自動(dòng)化卡座上的設(shè)置(無(wú)需冷藏),冷藏有限的環(huán)境中正常使用,長(zhǎng)期儲(chǔ)存須保存在-20℃;
Lyo兼容:酶制劑不含甘油和其他成分,不會(huì)干擾下游凍干步驟;
批次間重復(fù)性:符合ISO 13485質(zhì)量認(rèn)證要求.
講事實(shí),擺證據(jù)
RapiDxFire耐高溫逆轉(zhuǎn)錄酶在高溫下表現(xiàn)佳
用RapiDxFire Thermostable RT檢測(cè)寨卡病毒,效果優(yōu)異
熱穩(wěn)定性強(qiáng)
室溫下3個(gè)月內(nèi)穩(wěn)定
不可錯(cuò)過(guò)的產(chǎn)品信息
貨號(hào) |
產(chǎn)品名稱 |
規(guī)格 |
品牌 |
30250-1 |
RapiDxFire Thermostable Reverse Transcriptase, 3 Units/uL |
50 rxns |
LGC(Lucigen) |
30250-2 |
250 xns |
LGC(Lucigen) |
LGC(Lucigen):Lucigen公司成立于1998年,提供各類用于分子生物學(xué)研究相關(guān)產(chǎn)品,可以使研究者成功克隆較難克隆的基因。2017年Lucigen收購(gòu)了Epicentre Technologies基因組試劑盒、酶和輔助試劑等產(chǎn)品線,2018年又被英國(guó)LGC公司收購(gòu),公司合并后改名為 Biosearch technologies,專注于基因組學(xué)研究。目前產(chǎn)品線主要包括:體外轉(zhuǎn)錄、基因克隆(BAC克隆試劑盒)、感受態(tài)細(xì)胞(TG1噬菌體文庫(kù)構(gòu)建感受態(tài))、體外擴(kuò)增、轉(zhuǎn)座子突變、蛋白表達(dá)、核酸提取等。